L’impact de la résistance aux antimicrobiens (RAM) sur la santé humaine est réel et dangereux. Mais la résistance aux médicaments chez l’être humain ne constitue qu’une partie du problème. La RAM chez les animaux d’élevage pourrait avoir des conséquences tout aussi dévastatrices, non seulement sur la santé animale, mais aussi sur l’alimentation mondiale, les économies rurales et la sécurité financière d’un secteur dont dépendent 1,3 milliard de personnes pour leur subsistance[1].

Les animaux d’élevage deviennent involontairement des terrains propices au développement de toutes sortes de souches indésirables de superbactéries. On estime par exemple que jusqu’à 50 % des porcs élevés en Europe sont désormais porteurs de SARM[2].

Pour lutter contre ce phénomène, l’utilisation de médicaments antimicrobiens a augmenté de plus de 50 % au cours des 20 dernières années, notamment dans les économies en développement, où la réglementation et la surveillance sont souvent moins strictes. À l’échelle mondiale, environ 70 % de l’ensemble des médicaments antimicrobiens sont utilisés dans le secteur de l’élevage. À l’heure actuelle, environ 100 000 tonnes d’antimicrobiens sont administrées chaque année, mais ce volume devrait atteindre environ 140 000 tonnes d’ici à 2040[3],[4], la croissance de la population mondiale entraînant une hausse de la demande de viande et de produits d’origine animale.

Étude de cas : Des poulets provoquent une flambée de salmonellose aux États-Unis

En 2025, des centaines de personnes ont été hospitalisées dans plusieurs États américains après avoir souffert de diarrhées sévères, de fièvre et de vomissements. Les analyses ont révélé une infection à la salmonelle, une bactérie potentiellement mortelle qui touche l’intestin. Plus grave encore, la souche était résistante aux antibiotiques de première intention utilisés à l’hôpital, tels que la fosfomycine. Deux personnes sont décédées. Les enquêtes portant sur leur mode de vie ont indiqué que la maladie avait été transmise à l’être humain par des élevages familiaux de poulets.

L’évolution veut naturellement qu’une utilisation accrue des antimicrobiens augmente la probabilité de voir apparaître des résistances. Sous l’effet de leur exposition à l’environnement, des micro-organismes auparavant vulnérables, tels que les bactéries, les virus, les champignons ou les parasites microscopiques, deviendront progressivement résistants aux médicaments qui permettaient autrefois de les éliminer.

Des études suggèrent que la propagation continue de la RAM pourrait entraîner une baisse allant jusqu’à 8 % du cheptel mondial d’ici à 2050, voire 11 % dans les pays à faible revenu, où la production alimentaire est déjà difficile[5].

Comment avons-nous pu laisser la santé de nos animaux d’élevage se dégrader et nos systèmes alimentaires mondiaux devenir aussi menacés ?

Pourquoi sommes-nous aussi dépendants des antibiotiques ?

Si les antibiotiques sont à l’origine d’un problème, pourquoi ne pas simplement en utiliser moins ? En théorie, ce raisonnement séduit par son apparente simplicité. Pourtant, la réalité est plus complexe.

Les antibiotiques sont l’un des piliers de la médecine moderne : ils traitent les infections soit en détruisant directement les bactéries, soit en empêchant leur multiplication. Chez l’être humain, ils sont notamment utilisés pour traiter :

  • les infections respiratoires telles que la bronchite ou la pneumonie
  • les plaies infectées
  • les infections sexuellement transmissibles
  • les infections urinaires et de la vessie
  • et d’autres maladies graves telles que la méningite

Ils sont parfois utilisés à titre préventif chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou qui doivent subir une intervention chirurgicale. Ils peuvent également être prescrits après une infection afin de soutenir les défenses naturelles de l’organisme.

Chez l’être humain comme chez l’animal, les antibiotiques couramment utilisés comprennent :

  • les pénicillines telles que l’amoxicilline
  • les céphalosporines, notamment contre le sepsis
  • les macrolides, notamment contre la pneumonie
  • et les fluoroquinolones, notamment contre les infections récidivantes

Dans les élevages, des antibiotiques préventifs sont souvent administrés à l’ensemble des troupeaux ou des bandes de volailles par l’intermédiaire de l’eau de boisson et de l’alimentation. S’il vaut incontestablement mieux prévenir que guérir, cette approche prophylactique conduit inévitablement à une prescription excessive. Malgré nos bonnes intentions, nous pouvons involontairement favoriser la mutation de bactéries naturellement présentes et l’apparition des infections résistantes aux médicaments de demain.

Quels sont les dangers liés au fait d’ignorer la menace de la RAM ?

La RAM n’est pas un problème hypothétique qui ne se posera que dans le futur : nous en subissons déjà les conséquences aujourd’hui. En l’absence d’antibiotiques efficaces, nous ne pouvons pas traiter correctement les animaux infectés, ce qui entraîne des souffrances inutiles et des décès prématurés, avec des conséquences bien plus vastes pour l’humanité.

L’absence de lutte contre la RAM à l’échelle mondiale pourrait entraîner une perte cumulée de 100 000 milliards USD pour l’économie d’ici à 2050

Des souches d’E. coli, de Campylobacter et de salmonelles résistantes aux médicaments ont déjà été détectées dans des élevages de volailles du monde entier, entraînant des retards de croissance et des abattages massifs[6].

Les éleveurs de porcs signalent également un nombre croissant de cas de dysenterie porcine résistante aux antimicrobiens, une maladie mucohémorragique grave et très contagieuse, transmise par des matières fécales contaminées, des rats ou du matériel.

Étude de cas : Des animaux d’élevage porteurs de bactéries résistantes alimentent une épidémie de SARM au Royaume-Uni

Pendant le confinement lié à la COVID-19 au Royaume-Uni, les plaies d’une douzaine de patients âgés de 22 à 70 ans, soignés dans un service spécialisé dans la prise en charge des brûlés, ont été infectées par Staphylococcus aureus, plus connu sous le nom de SARM.

Après l’échec de plusieurs traitements, il est apparu que la souche provenait d’animaux d’élevage et résistait à l’antibiotique méthicilline, ce qui limitait considérablement les possibilités d’intervention. Tous les patients ont survécu, mais il n’a jamais été possible d’établir comment le SARM avait pénétré dans l’établissement.

Les antibiotiques classiques se révèlent déjà inefficaces dans de nombreux cas, si bien que les éleveurs se tournent de plus en plus vers les pleuromutilines, des antibactériens plus puissants qui se fixent sur un autre site du ribosome bactérien. Cependant, les bactéries développent également une résistance croissante aux pleuromutilines, ce qui expose les élevages à des pertes considérables. La dysenterie porcine peut avoir des conséquences dévastatrices, avec des taux de morbidité de 90 % et de mortalité de 30 % dans les troupeaux infectés[7].

Nous ne pouvons pas nous permettre de rester inactifs. L’absence de lutte contre la RAM dans les élevages à l’échelle mondiale pourrait entraîner une perte cumulée de 100 000 milliards USD pour l’économie d’ici à 2050, en raison d’une baisse de 3,8 % du PIB mondial annuel[8]. Dans le pire des scénarios, si tous les antibiotiques devenaient inefficaces en raison de mutations bactériennes, le prix à payer se mesurerait en vies humaines.

Pourquoi la RAM chez les animaux d’élevage constitue-t-elle un enjeu au-delà des exploitations agricoles ?

L’impact de la RAM chez les animaux d’élevage ne s’arrête pas aux portes des exploitations. La RAM se propage à travers les systèmes alimentaires et de santé, les écosystèmes et les économies. C’est pourquoi elle est de plus en plus considérée comme un défi relevant de l’approche « Une seule santé », selon laquelle les santés humaine, animale, végétale et environnementale sont indissociables.

Pour les animaux, les conséquences sont immédiates et visibles. Lorsque les infections courantes deviennent plus difficiles à traiter, les animaux d’élevage souffrent plus longtemps, la mortalité augmente et les éleveurs doivent faire face à des coûts vétérinaires plus élevés, à une baisse de la productivité et à des pertes plus importantes. Dans les cas graves, les infections résistantes peuvent entraîner des abattages, perturber les programmes de reproduction et réduire l’offre de protéines animales sûres et abordables. Pour les familles et les communautés qui dépendent de l’élevage, il ne s’agit donc pas seulement d’un enjeu de santé animale, mais aussi de revenus, de nutrition et de résilience.

Les bactéries résistantes peuvent atteindre l’être humain par contact direct avec les animaux, par des aliments contaminés, le fumier, les sols, l’eau et l’environnement au sens large. Lorsque des organismes résistants se propagent au sein des populations humaines, ils peuvent rendre les infections courantes plus difficiles à traiter et accroître les risques associés à la chirurgie, aux traitements contre le cancer, à l’accouchement et aux soins intensifs. Une analyse mondiale publiée dans The Lancet estime que, sans mesures plus ambitieuses, la RAM pourrait être directement responsable de 1,91 million de décès par an d’ici à 2050, tandis que 8,22 millions de décès annuels lui seraient associés[9].

Le coût social est lui aussi considérable. La Banque mondiale avertit qu’une RAM non maîtrisée pourrait faire basculer 28 millions de personnes dans la pauvreté. Les modélisations suggèrent que les pertes spécifiquement liées à la RAM chez les animaux d’élevage pourraient entraîner jusqu’à 950 milliards USD de pertes pour le PIB mondial, tandis que la transmission de pathogènes résistants des animaux d’élevage à l’être humain pourrait coûter jusqu’à 5 200 milliards USD[10]. Ces chiffres soulignent l’ampleur du défi : la RAM peut affaiblir les systèmes de santé, perturber les échanges commerciaux, augmenter les dépenses médicales des ménages et exercer une pression supplémentaire sur les pays déjà confrontés à l’insécurité alimentaire.

La RAM représente également un risque considérable pour l’environnement. Les résidus d’antimicrobiens et les bactéries résistantes peuvent pénétrer dans les sols et les cours d’eau par l’intermédiaire du fumier, du ruissellement agricole et des systèmes aquacoles. La FAO indique que 75 % à 90 % des antibiotiques testés peuvent être excrétés par les animaux sans avoir été métabolisés, ce qui offre aux organismes résistants de nouvelles possibilités de persister et de se propager[11].

Sous cet angle, l’utilisation responsable des antimicrobiens chez les animaux a des effets qui vont bien au-delà de leur seule protection. Des animaux en meilleure santé ont besoin de moins de médicaments ; une biosécurité renforcée réduit la pression infectieuse ; une meilleure surveillance permet de contenir plus rapidement les foyers épidémiques ; et une gestion améliorée des déchets limite la contamination de l’environnement. Lutter contre la RAM chez les animaux d’élevage, c’est garantir des aliments plus sûrs, une agriculture plus résiliente, des risques sanitaires moindres et une plus grande stabilité économique à long terme.

Si les conséquences de la RAM s’étendent aux exploitations agricoles, aux hôpitaux, aux systèmes alimentaires et aux écosystèmes, la réponse doit être tout aussi coordonnée. Cela commence par une meilleure compréhension des foyers d’émergence de la résistance, de ses modes de propagation et des interventions susceptibles de réduire le recours aux antimicrobiens sans compromettre le bien-être animal ni la sécurité alimentaire.

Que pouvons-nous faire pour réduire la résistance aux médicaments ?

Bien que la RAM constitue une menace croissante dans le monde, aucun organisme central n’est chargé de surveiller les foyers épidémiques ni de suivre la baisse d’efficacité des médicaments traditionnels.

Comment pouvons-nous lutter efficacement contre la RAM si nous n’en comprenons ni la fréquence ni la gravité ?

La base de données en ligne sur la RAM resistancebank.org vise à combler cette lacune en rassemblant des centaines de rapports sur la RAM chez les animaux d’élevage en Europe, en Asie, en Afrique, en Amérique du Nord et en Amérique du Sud.

Elle est toutefois loin d’être exhaustive, puisqu’elle se limite aux cas dans lesquels les taux de RAM chez les animaux d’élevage dépassent 50 % et pâtit de méthodes d’échantillonnage incohérentes selon les territoires.

La RAM en quelques chiffres

  • 1,3 milliard de personnes dépendent de l’élevage et de l’agriculture pour leur subsistance
  • 70 % de l’ensemble des médicaments antimicrobiens utilisés dans le monde le sont dans le secteur de l’élevage
  • 140 000 tonnes d’antimicrobiens devraient être utilisées chaque année d’ici à 2040, contre environ 100 000 tonnes aujourd’hui
  • 8 % du cheptel mondial pourrait disparaître d’ici à 2050 en raison de la RAM, un chiffre qui atteindrait 11 % dans les pays à faible revenu
  • 1,91 million de décès par an directement attribuables à la RAM d’ici à 2050
  • 28 millions de personnes pourraient basculer dans la pauvreté en l’absence de maîtrise de la RAM
  • 950 milliards USD de pertes liées à la RAM dans le secteur de l’élevage
  • 5 200 milliards USD de coûts dus à la transmission à l’être humain de pathogènes résistants provenant des animaux d’élevage
  • Des taux de morbidité de 90 % et de mortalité de 30 % dans les troupeaux touchés par une dysenterie porcine résistante aux antimicrobiens

L’Organisation mondiale de la santé animale décrit la RAM comme « l’un des plus grands défis sanitaires de notre époque »[12]. Elle souligne néanmoins que tout n’est pas perdu, plusieurs stratégies étant mises en œuvre pour freiner la prolifération de redoutables superbactéries.

« L’un des plus grands défis sanitaires de notre époque » : l’Organisation mondiale de la santé animale à propos de la résistance aux antimicrobiens

Les excédents d’antibiotiques qui s’échappent des exploitations agricoles et se déversent dans les sols et les cours d’eau favorisent l’apparition de bactéries résistantes dans l’environnement. Leur présence dans le fumier peut également favoriser leur propagation dans l’environnement, car les déjections animales sont souvent utilisées comme engrais agricole. Les professionnels du secteur peuvent donc contribuer à limiter le problème en dosant précisément les médicaments administrés et en veillant à éliminer de manière responsable tout médicament non utilisé. Des méthodes d’élimination appropriées doivent être appliquées aux déchets d’origine animale ainsi qu’à tout autre effluent industriel susceptible d’avoir été en contact avec des antimicrobiens.

Ensuite, nous pouvons tenter de limiter l’apparition de foyers de maladies dans les élevages en améliorant les conditions d’hygiène des animaux. Une bonne gestion des animaux est essentielle et comprend notamment :

  • la mise en quarantaine des animaux nouvellement arrivés avant leur intégration aux troupeaux
  • la limitation du nombre de visiteurs dans les exploitations
  • l’utilisation de pédiluves désinfectants
  • la restriction de l’accès aux pâturages
  • la désinfection régulière des véhicules, des outils et du matériel
  • et la lutte contre les nuisibles et les autres animaux sauvages susceptibles de piller les mangeoires et de propager davantage les agents pathogènes

En outre, les éleveurs doivent élaborer des programmes de vaccination adaptés en collaboration avec des vétérinaires spécialisés, afin de garantir une immunité collective efficace sans recours excessif aux vaccins. Les animaux doivent être examinés chaque jour afin de détecter tout signe de maladie et immédiatement isolés en cas de symptômes suspects. Les carcasses doivent être rapidement retirées et éliminées afin d’éviter que d’autres animaux n’entrent en contact avec elles.

Des tests réguliers peuvent aider à détecter des cas individuels d’infections résistantes aux antimicrobiens avant qu’ils ne se transforment en foyers épidémiques

Par ailleurs, les éleveurs pratiquant le pâturage doivent abreuver leurs animaux avec de l’eau du réseau plutôt qu’avec l’eau des ruisseaux et des fossés, car l’eau du réseau a fait l’objet d’un traitement chimique et sa provenance est garantie. Le lisier ne doit pas être épandu pendant que les animaux pâturent. Des tests réguliers peuvent aider à détecter des cas individuels d’infections résistantes aux antimicrobiens avant qu’ils ne se transforment en foyers épidémiques. Les plans de biosécurité doivent être tenus à jour et préciser les mesures appropriées à prendre en cas de détection d’une maladie : informer rapidement les autorités compétentes et tenir des registres complets des déplacements d’animaux afin d’en assurer la traçabilité.

Certains spécialistes de l’agriculture et de la nutrition commencent à envisager des solutions allant au-delà des antimicrobiens et préconisent plutôt une approche plus globale de la santé animale. Certains se tournent vers les probiotiques, des micro-organismes vivants tels que des bactéries ou des levures, afin d’enrichir la flore intestinale, de renforcer l’immunité naturelle et de favoriser durablement la santé des animaux d’élevage.

Quelle que soit l’approche privilégiée, les capacités financières du secteur privé sont essentielles pour résoudre le problème de la RAM à l’échelle mondiale. Une nouvelle collaboration prometteuse entre le MIT, université américaine, et Jameel Research, qui fait partie du réseau Abdul Latif Jameel International, illustre la force des partenariats pour renforcer la résilience des élevages dans le monde.

Le secteur privé peut-il utiliser l’IA pour lutter contre la progression de la résistance aux médicaments ?

En janvier 2026, Jameel Research a annoncé le financement d’un nouveau projet au sein du Department of Biological Engineering du MIT afin de lutter contre la RAM.

Ce projet ambitieux d’une durée de trois ans est dirigé par le professeur James J. Collins, titulaire de la chaire Termeer de génie et sciences médicales au MIT et responsable académique des sciences de la vie à la MIT Jameel Clinic, le principal pôle du MIT consacré à l’innovation dans les domaines de l’IA et de la santé.

Le professeur Collins et son équipe travaillent à la création d’une nouvelle génération de traitements antibactériens et d’outils de diagnostic rapide. En associant la biologie de synthèse à une IA générative avancée, le projet vise à accélérer l’obtention de résultats et à cibler l’utilisation des antibiotiques là où ils sont les plus efficaces.

Des miniprotéines de liaison, ou « minibinders », seraient administrées au moyen de microbes modifiés afin de neutraliser des toxines clés et des protéines cibles

La phase initiale est axée sur le développement et la validation de traitements antibactériens programmables destinés à lutter contre la RAM chez différents agents pathogènes bactériens. Ces miniprotéines de liaison, ou « minibinders », seraient administrés au moyen de microbes modifiés afin de neutraliser des toxines clés et des protéines cibles.

Cette nouvelle stratégie de développement des antibiotiques constitue une avancée majeure vers l’objectif à long terme de créer des traitements programmables capables de vaincre la RAM chez les animaux d’élevage comme chez l’être humain. À l’avenir, cette approche pourrait également permettre de développer plus rapidement des contre-mesures médicales contre les agents pathogènes émergents et réémergents, améliorant ainsi la réponse mondiale aux épidémies.

« La résistance aux antimicrobiens est l’un des défis les plus urgents auxquels nous sommes confrontés aujourd’hui et il faudra une recherche scientifique ambitieuse ainsi qu’une collaboration durable pour y répondre », a déclaré le professeur Collins. « Ce projet reflète ma conviction que la lutte contre la RAM nécessite à la fois des idées scientifiques audacieuses et une voie permettant de produire des effets concrets. »

« Nous sommes heureux de soutenir ces nouvelles recherches, qui s’inscrivent dans le prolongement de notre relation de longue date avec le MIT et de notre engagement à renforcer la santé mondiale et à contribuer à un avenir plus résilient. »

« Nous sommes heureux de soutenir ces nouvelles recherches, qui s’inscrivent dans le prolongement de notre relation de longue date avec le MIT et de notre engagement à renforcer la santé mondiale et à contribuer à un avenir plus résilient » – professeur James J. Collins

Dans l’attente des avancées extraordinaires de la médecine moderne et de la technologie, nous devons rester vigilants face à la RAM. Nous devons accepter que nous ne pouvons pas empêcher les agents pathogènes de s’adapter à leur environnement et de développer une résistance aux antibiotiques. Après tout, l’évolution est le processus même qui a permis à l’humanité de si bien s’adapter au monde.

Cette acceptation ne signifie toutefois pas que nous devons rester inactifs. Nous devons au contraire concentrer nos efforts sur le soutien d’un écosystème dynamique consacré à la recherche de pointe sur la RAM, tout en adoptant des pratiques agricoles durables afin de ralentir autant que possible le processus d’adaptation.

En préservant aujourd’hui l’efficacité des antimicrobiens chez les animaux d’élevage, nous contribuons également à protéger les soins médicaux de demain, la sécurité alimentaire, la santé environnementale et la résilience économique des communautés du monde entier.

Cette double stratégie offre les meilleures chances d’améliorer durablement la santé des animaux d’élevage dans le monde, tout en protégeant les économies agricoles et la production alimentaire pour les générations futures.

Cinq faits en bref

Q : Quelle est l’ampleur du problème des maladies infectieuses chez les animaux d’élevage dans le monde ?
R : On estime désormais que jusqu’à 50 % des porcs élevés en Europe sont porteurs de SARM, un type de staphylocoque résistant à de nombreux antibiotiques courants.

Q : La RAM pourrait-elle entraîner une diminution du cheptel mondial ?
R : Des études suggèrent que la propagation continue de la RAM pourrait entraîner une baisse allant jusqu’à 8 % du cheptel mondial d’ici à 2050.

Q : Les exploitations agricoles utilisent-elles trop d’antibiotiques ?
R : L’utilisation d’antimicrobiens a augmenté de plus de 50 % au cours des 20 dernières années et environ 70 % de l’ensemble des médicaments antimicrobiens sont désormais utilisés dans le secteur mondial de l’élevage.

Q : Pourquoi la RAM chez les animaux constitue-t-elle également une menace pour l’ensemble de la société ?
R : Les bactéries résistantes peuvent se propager par l’intermédiaire des systèmes alimentaires, du contact direct avec les animaux, du fumier, des sols et de l’eau, augmentant ainsi le risque d’infections plus difficiles à traiter chez l’être humain.

Q : Combien la RAM pourrait-elle coûter à l’économie mondiale ?
R : La Banque mondiale estime qu’une RAM non maîtrisée pourrait réduire le PIB mondial de 3,8 % par an d’ici à 2050 et faire basculer 28 millions de personnes dans la pauvreté.

 

[1] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[2] https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0195670121004357

[3] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[4] https://www.nature.com/articles/s41467-025-56825-7

[5] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[6] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[7] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[8] https://www.fairr.org/news-events/insights/amr-material-risks-animal-health

[9] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736%2824%2901867-1/fulltext

[10] https://www.worldbank.org/en/topic/health/brief/antimicrobial-resistance-amr

[11] https://www.fao.org/one-health/areas-of-work/antimicrobial-resistance/en

[12] https://www.woah.org/en/what-we-do/global-initiatives/antimicrobial-resistance/